良いアイディアですが - ハードディスクを他のマシンでスキャン

一見すると良い記事なのだが、2-3日間ほど原稿を寝かせればより充実した内容になっただろうに。

副題の「対策ソフトでは見つからない、ファイアウォールなどで見付ける」との記載が、かなり引っかかる。
本文中にはファイアーウォールについての記載が無いのだ。
ファイアーウォールなのかパーソナルファイアーウォールなのかもわからない。何じゃこりゃと。

別のパソコンで徹底的に調べる
まず，パソコンを停止する。そのパソコンからハードディスクを取り出してほかのハードディスクに丸ごとコピーする。そのコピーの中身を別のパソコンで逐一調べる。OSに偽装用のプロセスが挿入されていたとしても，別のOSから起動すればウイルスは見える。

隠蔽されているマルウェア・ウイルス・スパイウェアを発見する（Semplice, 2005年10月2日）みたいなものですね。
新規性が高い未知のウイルスは検出されづらい点は置いておいて。
「OSに偽装用のプロセスが挿入」とはRootkitのような特定のプロセスを隠蔽化するものを指すのかな、うーん。
それに副題の「パーソナルファイアーウォール」じゃないけど、検出されなかったプログラムが勝手に他所様に接続しようとするのを監視できないし。

このため，流行のごく初期に感染した不運なユーザーを除けば，対策ソフトをきちんと更新することで検出できる。

原文は大規模な感染の事例を取り上げての話ではあるため、ある意味で間違いは無いのだ、確かに。
ウイルスは - これが何をどこまで含むか次第であるものの - 単純に「種数」のみで判断すべきなんだろうか。

「ウイルス」と明記されてはいるんだけど、やや広範な範疇ではどうだろうか。
ウイルス以外のもの（例としてスパイウェア、ダウンローダー、アドウェアその他）（広義ではウイルスに含められてしまう分類の例もあるが）まで含めた「マルウェア」の検出状況は、実態としてウイルス対策ソフトウェアの負けである。
本当に、明らかに負けている。負けていないならば海外の方々の質問掲示板にてHijackThisによる相談例がここまで盛況となるのかと。